Het Dagelijks Bestuur van het waterschap wordt na de waterschapsverkiezingen gekozen door de leden van de Algemene Vergadering. Het Dagelijks Bestuur bestaat uit de dijkgraaf en vijf portefeuillehouders. De dijkgraaf is de voorzitter en is benoemd door de Kroon (op voordracht van de Commissaris van de Koningin). Deze benoeming vindt plaats na advies van de leden van de Algemene Vergadering. De leden van het Dagelijks Bestuur vergaderen elke twee weken op het waterschapskantoor te Terneuzen.
