Waterschappen zijn de oudste overheidslichamen van Nederland. Ze ontstonden in de vroege middeleeuwen om om de op de zee gewonnen polders te beschermen tegen overstromingen. De waterschappen bestonden uit gekozen vertegenwoordigers die de belangen behartigden van de boeren en landeigenaren van de in de polders gelegen gronden. Gezamenlijk waren ze verantwoordelijk voor het onderhoud van de dijken, kaden en wegen die om en in de pas gewonnen polders lagen.
Omstreeks 1850 waren er in Nederland nog 3.500 waterschappen. Na de stormvloedramp van 1953 daalde dit aantal drastisch. De noodzaak werd onderkend om de zorg voor de dijken integraal op te pakken. Tegenwoordig zijn de waterschappen de beheerders van de zeedijken die onder de Deltawet vallen.
Ook de huidige problematiek van overvloedige regenval in korte tijd dwingt de waterschappen tot een integrale aanpak. Door het vergroten van de o.a. de waterbergingscapaciteit blijven de waterschappen ook in de toekomst waterproblemen op duurzame wijze de baas.
Het waterschap Zeeuws-Vlaanderen is op 1 januari 1999 opgericht. Het waterschap is ontstaan uit een fusie van de waterschappen De Drie Ambachten (midden Zeeuws-Vlaanderen), Het Vrije van Sluis (west Zeeuws-Vlaanderen) en Hulster Ambacht (oost Zeeuws-Vlaanderen).