Watersysteembeheer is het zorgen voor voldoende water in sloten, kreken en andere waterlopen in Zeeuws-Vlaanderen. Door een goed peilbeheer kunnen er gewassen groeien op het land en kan de natuur zich beter ontwikkelen. Hiervoor wordt een uitgebreid stelsel van waterlopen en kunstwerken onderhouden (duikers, sluizen,etc.).
Na de overstromingen in de jaren negentig groeide het besef om anders om te gaan met water. Voorheen lag de nadruk op het zo snel mogelijk afvoeren van overtollig water. Nu ligt de nadruk op het vasthouden, bergen en dan pas afvoeren van water. Dit is nodig omdat er soms in korte tijd zeer veel regen valt, die zich minder geleidelijk laat afvoeren.
Het waterschap vergroot de waterbergingscapaciteit o.a. door het aanleggen van natuurvriendelijke oevers. Dit zijn flauw aflopende oevers, die een waterloop verbreden en dus de waterbergingscapaciteit vergroten. Bovendien maken deze oevers een gevarieerdere plant- en diergemeenschap mogelijk dan bij de oude steile oevers het geval was.
Naast het zorgen voor de kwaliteit van het oppervlaktewater in Zeeuws-Vlaanderen, zorgt het waterschap ook voor de kwantiteit van het water in de sloten en kreken van het beheersgebied. Dit wordt de zorg voor het watersysteem genoemd. Watersysteembeheer is de zorg voor voldoende water in waterlopen en kreken. Hierbij moet het waterschap inspelen op steeds veranderende omstandigheden. Het realiseren van een waterpeil op de juiste hoogte is hierdoor niet altijd even eenvoudig.
nabije verleden had het waterschap soms te kampen met aanhoudende droogte. Dit maakte handhaving van het juiste peil onmogelijk. Beregeningsverboden (het verbod om gewassen te besproeien) waren het gevolg. De laatste jaren is de situatie omgekeerd. Hevige en langdurige regenval komen vaak voor. Het voorkomen van wateroverlast vergt veel inspanning en creativiteit van het waterschap. Zeker als je weet dat het waterschap bijna 1.200 kilometer hoofdwaterloop en meer dan drieduizend kilometer 'gewone' waterlopen te onderhouden heeft. 
Om de watersysteemtaak goed te kunnen uitvoeren beschikt het waterschap over 22 gemalen, zeven uitwateringsgemalen en acht suatiesluizen.