Het waterbeheer valt te splitsen in twee taken: waterkwantiteitsbeheer en waterkwaliteitsbeheer. De zorg voor de kwaliteit van het oppervlaktewater in Zeeuws-Vlaanderen ligt bij het waterschap. Schoon water is nodig voor landbouw, natuur en recreatie.
In 1975 kregen de waterschappen de waterkwaliteitstaak toegewezen. De rechtsvoorgangers van het waterschap Zeeuws-Vlaanderen hebben invulling aan deze taak gegeven door het bouwen van zeven rioolwaterzuiveringsinstallaties in het beheersgebied. In deze installaties wordt het afvalwater gezuiverd en vervolgens weer teruggebracht in de natuur.
Water houdt niet op bij de landsgrens. Daarom wordt er ook in Europees verband gewerkt aan het verbeteren van de kwaliteit van het oppervlaktewater. In de Europese Kaderrichtlijn water zijn internationale afspraken vastgelegd over de voorwaarden waarin de kwaliteit van het water in rivieren, kreken, sloten, en meren in 2015 moet voldoen. Schoon oppervlaktewater is een zorg voor nu en in de toekomst.
Het oppervlaktewater in de Zeeuws-Vlaamse sloten en kreken moet van goede kwaliteit zijn. De landbouw en de natuur kunnen niet zonder schoon, zoet water. Het waterschap zuivert het afvalwater van alle Zeeuws-Vlaamse huishoudens en kleine industriële bedrijven. Dit gebeurt in zeven rioolwaterzuiveringsinstallaties verspreid over Zeeuws-Vlaanderen (in Hulst, Kloosterzande, Terneuzen, Oostburg, Breskens, Retranchement en Groede). Deze zuiveringsinstallaties hebben een gezamenlijke capaciteit van 203.800 vervuilingseenheden. Een vervuilingseenheid is de hoeveelheid afvalwater die een mens gemiddeld per dag produceert.
Daarnaast heeft het waterschap zestig rioolgemalen in bedrijf en een stelsel van pers- en vrijvervalleidingen met een lengte van 180 kilometer.
basis van een lozingsvergunning, waarin staat aan welke kwaliteitseisen het afvalwater moet voldoen. Het waterschap controleert of aan deze eisen wordt voldaan.